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一、產(chǎn)品描述

貨號(hào)：PRO-S-2-6  

英文名：Scaffold ssDNA 7560bp

中文名：7560bp單鏈DNA支架  

品牌：tilibit  

規(guī)格：800pmol  

tilibit Scaffold ssDNA 7560bp 是專為DNA折紙技術(shù)（DNA Origami）設(shè)計(jì)的高純度單鏈DNA支架，由德國(guó)tilibit Nanosystems GmbH研發(fā)。該產(chǎn)品以M13噬菌體單鏈DNA為骨架，通過(guò)精密的分子編程實(shí)現(xiàn)自組裝，形成用戶定義的二維或三維納米結(jié)構(gòu)。其長(zhǎng)度為7560個(gè)堿基，具備優(yōu)異的序列均一性和低錯(cuò)誤率（<0.1%），適用于構(gòu)建分子馬達(dá)、藥物遞送載體、生物傳感器等復(fù)雜納米器件。  

本產(chǎn)品采用超潔凈合成工藝，確保無(wú)核酸酶殘留及宿主基因組污染，并通過(guò)紫外分光光度計(jì)（A260/A280比值1.8-2.0）和瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證純度（≥95%）。作為tilibit產(chǎn)品線的核心組件，Scaffold ssDNA 7560bp 支持與短鏈DNA“訂書釘"互補(bǔ)配對(duì)，結(jié)合鎂離子（Mg2?）輔助折疊，廣泛應(yīng)用于分子生物學(xué)、醫(yī)療診斷及材料科學(xué)領(lǐng)域。  

二、產(chǎn)品特點(diǎn)

1. 高精度與穩(wěn)定性  

tilibit Scaffold ssDNA 7560bp 基于M13噬菌體單鏈DNA構(gòu)建，其天然環(huán)狀結(jié)構(gòu)賦予支架優(yōu)異的穩(wěn)定性，可耐受常規(guī)實(shí)驗(yàn)條件下的溫度波動(dòng)和化學(xué)環(huán)境。通過(guò)化學(xué)修飾技術(shù)（如氨基基團(tuán)、熒光染料標(biāo)記），可精準(zhǔn)定位功能基團(tuán)，支持靶向藥物遞送和分子識(shí)別等應(yīng)用。例如，在腫瘤診療中，氨基修飾的支架可偶聯(lián)靶向抗體，實(shí)現(xiàn)腫瘤標(biāo)志物的高效捕獲。  

2. 靈活的設(shè)計(jì)自由度  

借助計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)（CAD）軟件，用戶可自定義納米結(jié)構(gòu)的形狀與功能。支架的7560bp長(zhǎng)度允許構(gòu)建多層級(jí)復(fù)雜結(jié)構(gòu)，如納米孔陣列或動(dòng)態(tài)關(guān)節(jié)。動(dòng)態(tài)設(shè)計(jì)支持對(duì)外部信號(hào)（如pH、溫度）的響應(yīng)，例如在酸性環(huán)境中觸發(fā)結(jié)構(gòu)形變，釋放負(fù)載藥物。  

3. 嚴(yán)格的質(zhì)量控制  

每批次產(chǎn)品均經(jīng)過(guò)多輪質(zhì)檢，包括：  

• 序列驗(yàn)證：通過(guò)Sanger測(cè)序確認(rèn)關(guān)鍵區(qū)域序列準(zhǔn)確性。  

• 純度檢測(cè)：HPLC分析確保雜質(zhì)含量低于0.5%。  

• 功能測(cè)試：折疊效率驗(yàn)證（≥90%）及電泳條帶均一性檢查。  

4. 廣泛的應(yīng)用兼容性  

• 科研領(lǐng)域：作為基因編輯模板，支持CRISPR-Cas9系統(tǒng)的精準(zhǔn)定位；研究蛋白質(zhì)-DNA相互作用時(shí)，提供高信噪比信號(hào)。  

• 醫(yī)療診斷：構(gòu)建高靈敏度生物傳感器，檢測(cè)病原體核酸（如新冠病毒）的靈敏度達(dá)10 copies/μL。  

• 材料科學(xué)：開發(fā)柔性電子器件，利用DNA支架的導(dǎo)電性設(shè)計(jì)分子級(jí)電路。  

三、儲(chǔ)存條件

為確保產(chǎn)品性能穩(wěn)定，需遵循以下儲(chǔ)存規(guī)范：  

• 短期儲(chǔ)存：未開封產(chǎn)品于-20℃避光保存，避免反復(fù)凍融。  

• 長(zhǎng)期儲(chǔ)存：建議分裝為小份（如50pmol/管）后置于-80℃超低溫冰箱，可穩(wěn)定保存12個(gè)月以上。  

• 使用中儲(chǔ)存：已稀釋溶液需4℃短期存放（≤7天），避免核酸酶污染。  

注意事項(xiàng)：  

• 避免接觸含EDTA、SDS或高濃度DTT的溶液，以防破壞DNA結(jié)構(gòu)。  

• 運(yùn)輸過(guò)程中需采用干冰保溫，確保溫度低于-20℃。  

四、工作原理

tilibit Scaffold ssDNA 7560bp 的自組裝過(guò)程基于DNA折紙技術(shù)，具體步驟如下：  

1. 支架設(shè)計(jì)：利用Tiamat或caDNAno等軟件設(shè)計(jì)目標(biāo)結(jié)構(gòu)的二維/三維模型，生成互補(bǔ)鏈“訂書釘"DNA序列。  

2. 折疊反應(yīng)：將支架DNA與訂書釘DNA按比例混合（典型濃度：支架20 nM，訂書釘10 nM），加入10×折疊緩沖液（含10-20 mM Mg2?）及超純水，37℃孵育1-2小時(shí)。  

3. 結(jié)構(gòu)穩(wěn)定：Mg2?通過(guò)中和DNA磷酸骨架的負(fù)電荷，增強(qiáng)堿基配對(duì)特異性，確保結(jié)構(gòu)在生理?xiàng)l件下保持完整。  

4. 功能化修飾：通過(guò)末端修飾（如生物素、羧基）或點(diǎn)擊化學(xué)反應(yīng)引入功能基團(tuán)，適配下游應(yīng)用（如抗體偶聯(lián)、納米顆粒負(fù)載）。  

五、解決實(shí)驗(yàn)中的關(guān)鍵問(wèn)題

1. 復(fù)雜結(jié)構(gòu)構(gòu)建難題  

   傳統(tǒng)DNA自組裝技術(shù)受限于短鏈DNA的穩(wěn)定性，難以構(gòu)建大尺寸結(jié)構(gòu)。本產(chǎn)品通過(guò)長(zhǎng)鏈單鏈DNA支架簡(jiǎn)化折疊流程，降低設(shè)計(jì)復(fù)雜度。例如，7560bp長(zhǎng)度可減少折疊路徑中的能量壁壘，提高成功率。  

2. 實(shí)驗(yàn)效率提升  

   高純度單鏈DNA減少非特異性結(jié)合，標(biāo)準(zhǔn)折疊反應(yīng)僅需2小時(shí)（傳統(tǒng)方法需6-8小時(shí)）。配合預(yù)混緩沖液（如Folding Kit Basic），可進(jìn)一步縮短操作時(shí)間。  

3. 結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性保障  

   優(yōu)化序列設(shè)計(jì)避免二級(jí)結(jié)構(gòu)（如發(fā)夾結(jié)構(gòu)），并通過(guò)鎂離子濃度梯度實(shí)驗(yàn)確定條件（推薦10-20 mM），確保結(jié)構(gòu)在PCR擴(kuò)增或電泳過(guò)程中保持完整。  

4. 功能化擴(kuò)展  

   支持與量子點(diǎn)、金納米顆粒偶聯(lián)，開發(fā)多模態(tài)生物傳感系統(tǒng)。例如，在環(huán)境監(jiān)測(cè)中，構(gòu)建對(duì)重金屬離子響應(yīng)的熒光DNA納米探針。

六、使用方法

實(shí)驗(yàn)流程：  

1. 解凍與稀釋  

   • 4℃解凍后，用超純水稀釋至工作濃度（通常為10-50 nM）。  

2. 反應(yīng)體系配置  

   • 推薦體積：100 μL  

   • 成分：  

     ? Scaffold ssDNA：20 nM  

     ? 短鏈DNA（訂書釘）：10 nM  

     ? 10×折疊緩沖液（含Mg2?）：1×  

     ? 超純水：補(bǔ)足體積  

3. 折疊反應(yīng)  

   • 37℃孵育1-2小時(shí)，期間可短暫離心去除氣泡。  

4. 產(chǎn)物純化  

   • 使用瓊脂糖凝膠電泳分離，切膠回收目標(biāo)條帶（參考凝膠上樣染料說(shuō)明）。  

5. 功能驗(yàn)證  

   • 通過(guò)原子力顯微鏡（AFM）或透射電鏡（TEM）觀察結(jié)構(gòu)形貌。  

注意事項(xiàng)：  

• 鎂離子濃度需精確控制，過(guò)高會(huì)導(dǎo)致非特異性結(jié)合，過(guò)低則影響結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性。  

• 長(zhǎng)期保存的樣品使用前需進(jìn)行濃度測(cè)定（如NanoDrop分光光度計(jì)）。  

七、常見(jiàn)問(wèn)題與解決方案

1. 電泳條帶模糊或多條帶  

• 可能原因：DNA降解或污染。  

• 解決方案：使用RNase A處理樣品，優(yōu)化純化步驟（如增加酚-氯仿抽提）。  

2. 折疊效率低  

• 可能原因：Mg2?濃度不足或溫度波動(dòng)。  

• 解決方案：補(bǔ)充MgCl?至終濃度10-20 mM，嚴(yán)格控溫（37℃±0.5℃）。  

3. 結(jié)構(gòu)形變或斷裂  

• 可能原因：二級(jí)結(jié)構(gòu)干擾或緩沖液離子強(qiáng)度不適宜。  

• 解決方案：重新設(shè)計(jì)序列，避免連續(xù)互補(bǔ)堿基；調(diào)整緩沖液pH至8.0-8.5。  

4. 功能標(biāo)記失效  

• 可能原因：修飾位點(diǎn)被封閉或化學(xué)偶聯(lián)不全。  

• 解決方案：選擇末端修飾位點(diǎn)（如5'端），優(yōu)化偶聯(lián)反應(yīng)條件（如pH 7.2-7.4）。  

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